Instytut realizuje swoje cele głównie poprzez prowadzenie archiwum spuścizny po ks. Józefie Tischnerze, jak również działalności popularyzatorskiej, informacyjnej i wydawniczej, organizowanie konferencji oraz seminariów naukowych, a także współpracę z instytucjami państwowymi i organizacjami pozarządowymi działającymi w zakresie objętym celami Instytutu.

MISJA INSTYTUTU MYŚLI JÓZEFA TISCHNERA
Podstawową misją naszej Fundacji jest tworzenie przyjaznej przestrzeni dialogu dla ludzi o różnych poglądach, którym bliska jest myśl Józefa Tischnera. Otwartość i szacunek dla innych to naszym zdaniem najcenniejsze rysy postawy intelektualnej naszego Patrona. Chcemy, by dzięki aktywności Instytutu ta postawa mogła się upowszechniać.
IMJT jest ze swej natury miejscem, gdzie ścierają się czasem skrajnie odmienne stanowiska światopoglądowe, filozoficzne czy polityczne, a dyskusje i spory staramy się prowadzić  w duchu wzajemnego szacunku.
Z tego względu Instytut dystansuje się wobec wszelkich prób wpisywania myśli naszego Patrona w ideologię jakiejkolwiek partii czy opcji politycznej.  Wszyscy członkowie instytutu, także ci pełniący funkcje, wypowiadają się publicznie wyłącznie w swoim własnym imieniu.